1. 정확도가 차이가 있을 경우
하나의 지리정보시스템 프로젝트에서도 여러 종류의 데이터셋이 필요하다. 데이터셋을 비교해보면 첫째, 같은 지역이지만 정확도가 다른 경우, 둘째, 같은 지역이지만 표현방법이 다른 경우, 셋째, 인접지역의 자료를 하나로 합쳐야 하는 경우의 세 가지 경우가 존재한다.
영상은 해상도가 결정되어 있고, 종이지도는 축척이 결정되어 있다. 따라서 획득한 자료는 그 해상도와 정확도가 서로 다를 가능성이 매우 높다. 지도의 경우 지형지물을 임의로 전이시키는 경우도 있다. 예를 들면, 소축척 지도에서 강의 위치를 근사적으로 표현할 수밖에 없는데 북쪽 강변에 위치하는 마을을 반드시 북쪽에 묘사해야 하기 때문에 지도상에서 약간 위치를 이동해야 할 수도 있다는 것이다. 축척이 작으면 당연히 오차도 크게 나타난다. 이와 같이 소축척지도를 대축척지도와 결합할 경우 소축척지도의 지형지물이 본래의 위치 및 형태와 다를 수 있다. 해상도가 다른 영상을 서로 결합하는 경우에도 비슷한 경우가 발생한다.
축척이 다른 두 지도를 수치화하여 중첩하면 자료원의 축척 차이로 인해 폴리곤이 완전하게 일치하지 못하고 경계가 어긋나는 현상이 발생한다. 이러한 현상으로 인해 발생하는 폴리곤을 슬리버 폴리곤(sliver polygon)이라 한다. 축척의 차이가 큰 경우에는 대축척지도의 경계를 우선적으로 사용하여야 하나 축척 차이가 그리 크지 않다면 대화식으로 문제를 해결해야 할 필요가 있다.
지도제작 기관에서는 다른 축척의 데이터셋을 별개로 유지관리하는 경우가 매우 흔하다. 유럽의 지도제작기관들은 기본자료로 하나의 자료 데이터베이스를 관리한다. 해당 데이터베이스에는 기본적으로 축척과 무관한 모든 자료, 대축척지도 또한 생산 가능한 자료를 보관하고 있다. 이러한 기본 데이터베이스로부터 필요한 축척별 데이터베이스를 구축한다. 이와 같은 데이터베이스는 특정한 지도에 인쇄하고자 하는 요소들, 예를 들자면 문자를 인쇄할 위치, 각 지형지물에 부여할 색상 등 모든 자료를 보관하고 있어 지도용 데이터베이스라 할 수 있다. 이는 그 기관에서 대축척 지도를 위한 데이터베이스 및 소축척 지도를 위한 데이터베이스를 별개로 관리할 수 있다는 의미이다. 이러한 것을 다중 축척 환경이라고 한다.
2. 표현의 차이가 있을 경우
동일한 지리적 현상을 다양한 방법으로 표현하는 보다 발전된 형태의 지리정보시스템 응용도 있을 수 있다. 여러 가지 축척으로 지도를 인쇄하는 경우 또한 이러한 응용의 한 예시이지만 이외에도 보다 많은 예시가 있을 수 있다. 예를 들어 동일한 현상인데 어떠한 경우에는 점으로 표현하고, 다른 경우에는 폴리곤으로 표현해야 하는 경우가 있을 수 있다. 이러한 요구사항이 있을 때 지리정보시스템 또는 데이터베이스에서 동일한 현상에 대한 여러 가지 표현에 대해 연관관계를 관리해야 하고 어떠한 표현을 어떠한 경우에 사용할 것인지 결정해야 하는 등 복잡한 문제가 발생한다. 예를 들어 소축척 도로망에서는 마을을 점 객체로 표현하지만, 도시인구밀도 분석과 같은 예시에서는 모든 거주 지역을 면으로 처리해야 할 것이다. 시스템에서 하나의 현상이 여러가지의 형태로 표현되도록 자동으로 관리할 수 있다면 여러가지의 다양한 응용이 가능하게 될 것이다. 이러한 기능을 제공하는 시스템을 다중 표현(multi-representation) 시스템이라 한다.
3. 인접지역자료의 병합
각각의 데이터셋이 준비되고, 하나의 무경계(seamless) 데이터셋을 생성하여 통합된 자료가 가능한 한 균질적으로 보이도록 하기 위해 인접한 여러 데이터셋을 병합해야 하는 경우가 있다. 인접지역 자료를 병합하는 것은 쉬운 작업이 아니다. 경우에 따라 선의 일반화 또는 중복선의 삭제와 같은 자료정비 작업이 필요하기도 하다.
지리정보시스템에 따라서는 이와 같은 병합문제를 해결하기 위한 경계선일치 기능이 존재하는 경우도 있다. 경계선 일치 기능이란 공통 경계선상에 존재하는 모든 대상이 같은 위치에 있도록 편집하는 기능이다. 경계선 일치기능을 사용하면 도곽에 위치하는 객체의 좌표가 이웃한 데이터셋에 위치하는 객체의 좌표와 일치하도록 수정된다. 그러나 해당 기능을 수행한 후에도 불일치한 것이 남아있을 수 있으므로 육안으로 확인한 후 수작업으로 편집할 필요가 있다.